Die Nitrifikation ist die biologische Oxidation von Ammoniak (Ammoniumion) zu Nitrit, gefolgt von der Oxidation von Nitrit zu Nitrat. Der erste Schritt dieses zweistufigen Prozesses wird in einem Aquarium durch Nitrifikation von Bakterien durchgeführt. Während dieses schnellen Prozesses sinken die Ammoniumspiegel, während die Nitritspiegel ansteigen. Da Nitrit genauso schädlich ist wie Ammoniak, sollten die Nitritwerte auf einem nicht messbaren Niveau gehalten werden. Ein biologischer Filter sollte in der Lage sein, die Nitritwerte niedrig zu halten.
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